一个py脚本运行时报错，
python3 test.py data1.csv data2.tab data3.txt output.txt
nr[line[2]] = [line[6]]
IndexError: list index out of range
test.py如下：
import sys
nr_cog = sys.argv[1]
cog_tab = sys.argv[2]
blast = sys.argv[3]
output = sys.argv[4]
#读取 NR 和 COG 映射关系
nr = {}
nr_cog = open(nr_cog, 'r')
for line in nr_cog:
line = line.split(',')
if line[2] not in nr:
nr[line[2]] = [line[6]]
elif line[6] not in nr[line[2]]:
nr[line[2]].append(line[6])
nr_cog.close()
#读取 COG 功能和分类描述
cog = {}
cog_tab = open(cog_tab, 'r')
for line in cog_tab:
line = line.split('\t')
cog[line[0]] = '\t'.join(line[0:3])
cog_tab.close()
#读取 blast 比对结果，根据 NR id，将 COG id、描述、分类等信息匹配在后方
output = open(output, 'w')
blast = open(blast, 'r')
print(f'{blast.readline().strip()}\tCOG_name\tCOG_class\tCOG_description', file = output)
for line in blast:
line = line.strip()
id = line.split('\t')[5]
if id in nr:
for id2 in nr[id]:
print(f'{line}\t{cog[id2]}', file = output)
blast.close()
output.close()
请问如何解决？谢谢！
13行后面打印下line的值，看下元素个数，应该是不到7个吧，或者说不是每行都有7个。
for line in nr_cog:
line = line.split(',')
print(line)
if line[2] not in nr:
nr[line[2]] = [line[6]]
elif line[6] not in nr[line[2]]:
nr[line[2]].append(line[6])
【以下回答由 GPT 生成】
根据提供的错误信息和代码内容，问题发生在以下代码段：
for line in nr_cog:
line = line.split(',')
if line[2] not in nr:
nr[line[2]] = [line[6]]
elif line[6] not in nr[line[2]]:
nr[line[2]].append(line[6])
根据报错信息 IndexError: list index out of range，说明 line 的长度不够，找不到对应的索引。这样的错误通常发生在 line 的长度小于访问的索引。在这段代码中，line 是根据逗号 , 分隔的数据行。
因此，我们需要检查输入的数据文件 data1.csv，确认其中的数据行的格式是否正确，且每一行的字段数是否符合预期。同时，我们也可以添加一些错误处理代码来避免这类错误。
以下是修改后的代码：
import sys
def read_nr_cog(nr_cog_file):
nr = {}
try:
with open(nr_cog_file, 'r') as file:
for line in file:
line = line.strip().split(',')
if len(line) > 2: # 检查字段数是否大于2
if line[2] not in nr:
nr[line[2]] = [line[6]]
elif line[6] not in nr[line[2]]:
nr[line[2]].append(line[6])
else:
print("数据行格式错误:", line)
except FileNotFoundError:
print(f"文件 {nr_cog_file} 未找到")
return nr
def read_cog_tab(cog_tab_file):
cog = {}
try:
with open(cog_tab_file, 'r') as file:
for line in file:
line = line.strip().split('\t')
if len(line) >= 3: # 检查字段数是否大于等于3
cog[line[0]] = '\t'.join(line[0:3])
else:
print("数据行格式错误:", line)
except FileNotFoundError:
print(f"文件 {cog_tab_file} 未找到")
return cog
if len(sys.argv) < 5: # 添加参数检查
print("参数不足")
print("使用方法: python3 test.py data1.csv data2.tab data3.txt output.txt")
sys.exit(1)
nr_cog_file = sys.argv[1]
cog_tab_file = sys.argv[2]
blast_file = sys.argv[3]
output_file = sys.argv[4]
nr = read_nr_cog(nr_cog_file)
cog = read_cog_tab(cog_tab_file)
output = open(output_file, 'w')
try:
with open(blast_file, 'r') as blast:
print(f'{blast.readline().strip()}\tCOG_name\tCOG_class\tCOG_description', file=output)
for line in blast:
line = line.strip().split('\t')
id = line[0]
if id in nr:
cog_info = '\t'.join([cog[c] for c in nr[id]])
print(f'{line}\t{cog_info}', file=output)
except FileNotFoundError:
print(f"文件 {blast_file} 未找到")
output.close()
这样，我们添加了参数检查，以及对数据文件读取的错误处理代码。代码会在检测到格式错误或文件未找到时给出提示。同时，我们也将读取文件的代码封装为函数，提高了代码的可读性和可维护性。
希望这样对您有所帮助！如果您还有其他问题，请随时提问。