#plink报错Duplicate --vcf flag
D:\Program Files\plink>plink --vcf WCZ.filtered.vcf --geno 0.1 --maf 0.01 --out all.missing_maf --recode vcf-iid --allow-extra-chr --keep-allele-order --vcf all.missing_maf.vcf
PLINK v1.90b7 64-bit (16 Jan 2023) http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3
Error: Duplicate --vcf flag.
【以下回答由 ChatGPT 生成】
根据您提供的信息，问题出现在您运行plink命令时，报错信息显示为"Duplicate --vcf flag"。这个错误是由于您在命令中重复使用了"--vcf"标志导致的。根据命令行，你已经在最开始的地方使用了"--vcf WCZ.filtered.vcf"，而在最后又使用了"--vcf all.missing_maf.vcf"。然而，plink不允许在同一条命令中多次使用同一个标志。
要解决这个问题，请删除重复使用的"--vcf"标志，只保留一个即可。修改后的命令如下：
D:\Program Files\plink>plink --vcf WCZ.filtered.vcf --geno 0.1 --maf 0.01 --out all.missing_maf --recode vcf-iid --allow-extra-chr --keep-allele-order
请注意，根据您的需求，我在这里删除了最后一个"--vcf all.missing_maf.vcf"部分。如果这并不是您的意图，请在问题说明中提供更多相关信息，以便我们能够更好地帮助您解决问题。