plantismash

我目前在安装plantismash版本V1.0

当我按照提示进行安装数据库的时候，错误提示如下

python download_databases.py
Creating checksum of Pfam-A.hmm.gz
Extraction of Pfam-A.hmm.gz finished successfully.
Traceback (most recent call last):
  File "download_databases.py", line 221, in <module>
    main()
  File "download_databases.py", line 198, in main
    compile_pfam(filename)
  File "download_databases.py", line 161, in compile_pfam
    execute(command)
  File "download_databases.py", line 51, in execute
    stderr=subprocess.PIPE)
  File "/home/wyh/.conda/envs/python2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 394, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/home/wyh/.conda/envs/python2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 1047, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

根据官网给的信息，有些依赖项未安装，比如hmmer3，NCBIblast+,xz development headers，xml development headers
希望您的真诚指导，感谢问答！

按照官网先把没安装的安装上

requirements.txt里面的依赖库有没有全部成功安装，需要安装好这些依赖库才能进行下一步，不然就会报你说的这个错误的哦。

将报错信息中提示缺少的依赖库都安装上

下载的Pfam-A.hmm.gz文件是否存在。可以在下载文件的目录中查找该文件。
确认下载的plantismash版本是否正确。可以查看plantismash的官方文档，以确认该版本是否支持下载Pfam-A.hmm.gz文件。

仍然无法解决问题，尝试重新安装plantismash。在重新安装之前，请确保已经正确下载了所有必要的文件，并且计算机具有足够的权限来访问这些文件。

安装上缺少的依赖库后，试试

1.可能是command变量所代表的命令不存在，有可能是因为命令的路径不正确，或者该命令在系统中并未安装。
2.或者filename变量所指的文件不存在，可能是因为文件的路径不正确，或者确实没有那个文件。

要解决这个问题，你可以按照以下步骤安装缺失的依赖项：

    安装hmmer3：根据你的操作系统，可以使用适当的包管理器安装hmmer3。例如，在Ubuntu上可以运行以下命令：

    

sudo apt-get install hmmer

   安装NCBIblast+：同样，根据你的操作系统，使用适当的包管理器安装NCBIblast+。例如，在Ubuntu上可以运行以下命令：

   

sudo apt-get install ncbi-blast+

   安装xz development headers：这是指xz库的开发头文件。可以使用适当的包管理器安装。例如，在Ubuntu上可以运行以下命令：

    

sudo apt-get install liblzma-dev

  安装xml development headers：这是指XML库的开发头文件。同样，使用适当的包管理器进行安装。例如，在Ubuntu上可以运行以下命令：

    

完成上述步骤后，重新运行脚本download_databases.py，它应该能够找到并使用这些依赖项，并成功执行。

请注意，具体的命令可能因你使用的操作系统和包管理器而有所不同。如果你使用的是其他操作系统，请查阅相应的文档或搜索适用于你的操作系统的命令。

如果你仍然遇到问题，建议查阅官方文档或寻求相关技术支持，以获取更详细的指导和帮助。