运行seurat dimplot函数新数据降维后变成了这样,之前的降维的数据还能正常展示
,不知道发生了什么,求解答。
是否二次降维了,你把文件发我运行看看
可能以下原因:数据格式错误、颜色映射问题、数据维度问题
下面是一个小小参考示例:
library(Seurat)
# 导入数据
data <- Read10X("data_directory/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")
# 创建Seurat对象
pbmc <- CreateSeuratObject(counts = data)
# 执行预处理步骤
pbmc <- Preprocess(pbmc)
# 降维
pbmc <- RunPCA(pbmc)
# 绘制dimplot
dimplot(pbmc, col.map = "Blues")
#如有帮助,恭请采纳
Seurat 4 R包源码解析 24: step11 降维可视化 DimPlot()
可以参考下
https://zhuanlan.zhihu.com/p/541666692
没有正确指定群集或样本元信息列,检查是否在 DimPlot 函数中指定了正确的色彩参数
检查一下数据质量,新的数据在进入Seurat之前是否通过了质量控制,如低质量细胞、双峰分布等
既然是降维后出现的问题,那么你就要检查下你的降维纬度,参数的设置是否正确。其次就是看下你的细胞类型注释的是否有问题,或者是否出现了数据异常值。