想问下大家
非靶脂质组得到的差异脂质如何进行KEGG通路分析呀
要进行KEGG通路分析，需要先对差异脂质进行ID转换，将其转化为KEGG指定的格式。常用的ID转换工具包括mzid-to-kegg-pathway和MSnbase。之后可以使用KEGG Pathway Database或者R软件中的KEGG.db包进行通路富集分析。这里以KEGG.db包为例，介绍如何进行KEGG通路分析。
首先，需要安装KEGG.db包，可以在R软件的包管理器中进行安装。
接着，我们需要从KEGG官网下载所需的脂质类pathway文件。可以参考这个脂质数据库（https://www.genome.jp/ lipid-db/central-database/kegg/）指引。
然后，我们需要将差异脂质的ID与KEGG指定的ID进行匹配。可以使用R软件中的matchID工具，该工具可以将不同的ID格式进行匹配。在使用matchID工具之前，需要先安装该工具，并准备好差异脂质的ID和所需的KEGG ID格式。
接着，我们可以使用R软件中的KEGG.db包来进行通路富集分析。首先，需要安装KEGG.db包，然后在R软件中加载该包。接着，将差异脂质与pathway文件进行匹配，可以使用KEGG.db包中的queryPathwayGenes函数。最后，可以使用KEGG.db包中的enrichPathway函数进行通路富集分析。该函数会返回KEGG通路富集结果，包括通路名称、富集得分、p值、q值等。