将rds格式文件转为h5ad格式

在R中如何将rds格式文件转为h5ad格式？或者在python中如何转格式？给出具体的代码？在R中是始终加载不出来library(Seurat)
library(SeuratData)
library(SeuratDisk)包？

R中:

1. 安装Seurat、SeuratData和SeuratDisk包。如果安装不成功,可以尝试更新R版本至3.6以上,并更新包管理源。
2. 读取rds文件:

data <- ReadRDS("yourfile.rds")

3. 使用WriteH5AD函数将Seurat对象存储为h5ad文件:

WriteH5AD(data, "yourfile.h5ad")

Python中:

1. 安装anndata、scanpy、h5py等包
2. 读取rds文件。如果rpy2包安装成功,可以使用其中的robjects.r函数执行R代码,读取rds文件。如果失败,也可以使用rpy2的alternative engine,或直接调用R的API进行文件读取。
3. 将读入的数据构建为anndata类的AnnData对象4. 使用AnnData对象的write_h5ad方法存储为h5ad文件:

adata.write_h5ad("yourfile.h5ad")

所以,总体步骤是:
R中:
Seurat包读取rds文件 -> WriteH5AD函数存储为h5ad

Python中:
rpy2或其他方式读取rds文件 -> 构建AnnData对象 -> AnnData.write_h5ad存储为h5ad