GSEA图片结果—斜线？

大家做GSEA分析时，有遇到这样的图吗？看起来是一条斜线

跟平时看到到GSEA图都不一样
请问这样的GSEA图可以用吗？它的问题出现在哪儿呢？

可能跟数据分析有关。上面这个图是分析了高通量数据（可能分析方法有问题，不过我暂时没有发现）。我换了另一个芯片GSEdata分析，GSEA的图像看起来就正常了。如下

根据你提供的GSEA问题链接,我的理解和分析如下:
GSEA(基因集富集分析)结果图中,横轴表示基因在两个组别(例如疾病组和正常组)中的表达变化。纵轴表示基因集内的基因在排名中的位置。所以理想的结果是基因集中的基因Expression在两个组别之间差异较大,且这些基因在排名中也靠前,这样可以认为这个基因集与该表型(疾病)密切相关。
如果GSEA结果图像呈现斜线状,说明基因在两个样本组的表达变化不大,基因集内基因在排名中也无明显靠前聚集的趋势。这通常表示基因集与表型的关系不显著。
产生斜线状结果的原因可能有:

选取的基因表达矩阵数据质量较差,两组别的差异表达基因难以检出。
选取的基因集与该研究的表型没有明显的关联性。
样本量较小,差异检验的统计功效不足以发现差异表达基因。
GSEA的参数设置不当(Permutation类型、Permutation数目等),影响结果的稳定性。

解决斜线状结果的措施如下:

提高数据质量,增加样本量;或采用更稳健的差异分析方法。
选择与研究表型更为相关的基因集进行分析。
根据GSEA结果选择更为稳定的参数设置,增加Permutation数目等。
对有意义的基因集进行单独分析,而非全面筛选所有基因集。
结合其他生物信息学分析结果进行综合判断,不仅仅依赖GSEA一种算法。

希望这些分析和建议能对你理解和解决GSEA斜线状结果有所帮助。

如果觉得有用，帮忙采纳一下哦。谢谢

看p值还行，但是矫正p值有点大，而且这是基因太少了吧？估计100个都不够，GSEA是把整个矩阵放进去分析的