#基因名字转换为基因id
genes=as.vector(rt[,1])
entrezIDs=mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA)
entrezIDs=as.character(entrezIDs)
gene=entrezIDs[entrezIDs!="NA"] #去除基因id为NA的基因
请问mget函数中第二项要改成什么
以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写：
从代码中看，该段代码是将一个向量中的基因名称转化为基因ID。目前代码中使用的是org.Hs.egSYMBOL2EG这个对象对基因名称进行转换，因此代表着基因名称格式为人类基因符号（Symbol）。如果要转换的基因名称格式不同，需要使用相应的对象来做转换。
例如，对于水稻基因名称的转换，可以使用org.Os.egENSEMBL2EG这个对象：
genes <- as.vector(rt[,1])
entrezIDs <- mget(genes, org.Os.egENSEMBL2EG, ifnotfound=NA)
entrezIDs <- as.character(entrezIDs)
gene <- entrezIDs[entrezIDs!="NA"] #去除基因id为NA的基因
其中，org.Os.egENSEMBL2EG代表着基因名称格式为水稻Ensembl ID。
需要注意的是，此代码需要先安装并加载相应的R包，例如安装和加载ricebase（R中水稻基因注释信息的包）：
install.packages("ricebase")
library(ricebase)
如果我的回答解决了您的问题，请采纳！
根据代码中的注释，mget 函数的第二个参数是 org.Hs.egSYMBOL2EG，它应该是一个基因名称到Entrez ID的映射字典，用于将基因名称转换为Entrez ID。因此，如果要修改这个参数，需要提供另一个基因名称到Entrez ID的映射字典。
在 R 语言中，常用的基因名称到Entrez ID的映射字典包括 org.Hs.egSYMBOL2EG（基于基因Symbol）、org.Hs.egID2EG（基于Entrez ID）和 org.Hs.egENSEMBL2EG（基于Ensembl ID）等。因此，如果要将基因名称转换为Entrez ID，可以根据数据来源和具体需求选择合适的映射字典。
例如，如果数据中的基因名称是 Ensembl ID，可以使用 org.Hs.egENSEMBL2EG 作为第二个参数，例如：
entrezIDs=mget(genes, org.Hs.egENSEMBL2EG, ifnotfound=NA)
entrezIDs=mget(genes, org.Hs.egID2EG, ifnotfound=NA)
需要注意的是，不同的映射字典可能包含不同的基因名称和Entrez ID，因此在使用 mget 函数时，需要根据具体情况选择合适的映射字典，以确保转换的准确性和完整性。
引用chatGPT作答，根据代码中给出的 org.Hs.egSYMBOL2EG 参数可以看出，这是将人类（Homo sapiens）基因的符号转换为 Entrez 基因 ID 的参数。因此，如果您要将水稻（Oryza sativa）基因名称转换为其相应的 Entrez 基因 ID，您需要更改 org.Hs.egSYMBOL2EG 参数，使其适用于水稻。
具体而言，您可以使用 R 包 org.Os.eg.db，这是 Bioconductor 数据库的一部分，其中包含了 Oryza sativa 的基因注释信息。您可以使用以下代码来加载此包并将基因符号转换为 Entrez 基因 ID：
library(org.Os.eg.db)
genes <- as.vector(rt[,1])
entrezIDs <- mget(genes, org.Os.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA)
entrezIDs <- as.character(entrezIDs)
gene <- entrezIDs[entrezIDs!="NA"]
在这个代码中，org.Os.egSYMBOL2EG 参数指定了将 Oryza sativa 的基因符号转换为 Entrez 基因 ID。
在第二行的mget函数中，第二项org.Hs.egSYMBOL2EG是一个名字到Entrez Gene ID的映射表，它将基因的symbol或者别名映射到其对应的Entrez Gene ID。如果要将基因名字转换为其他类型的ID，可以使用其他的映射表。例如，如果要将基因名字转换为Ensembl Gene ID，可以使用org.Hs.egSYMBOL2ENSEMBL映射表，即将第二项改为org.Hs.egSYMBOL2ENSEMBL。完整代码如下：
genes <- as.vector(rt[,1])
entrezIDs <- mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2ENSEMBL, ifnotfound=NA)
entrezIDs <- as.character(entrezIDs)
gene <- entrezIDs[entrezIDs!="NA"]
需要注意的是，不是所有的基因名字都能被成功地映射到其对应的ID，因此在进行基因名字转换时，需要对转换结果进行检查，确保转换成功的基因名字对应的ID是正确的。
考CHATGPT和自己的理解回答，希望能帮到你
根据代码中使用的org.Hs.egSYMBOL2EG参数的命名，可以猜测这是一个基因符号（gene symbol）到Entrez ID的映射关系。如果要将基因名字转换为不同的ID，需要使用相应的映射表来替换org.Hs.egSYMBOL2EG参数。
例如，如果想将基因名字转换为Ensembl ID，可以使用org.Hs.egENSEMBL2EG作为第二个参数。其他可供选择的参数包括：org.Hs.egNCBI2EG（NCBI Gene ID）、org.Hs.egREFSEQ2EG（RefSeq mRNA ID）等。具体使用哪个参数取决于你想要转换成哪种类型的ID。