关于python程序运行慢

我写了一个简单的生物信息代码，实现从6000多条序列中找出符合要求的，但是要跑一分钟，请帮忙看看为什么会这样，谢谢！

把写的部分改成如下：

cont = '\n'.join([d[i]  for i in range(len(d)) if d[i].endswith('TGA')])
b.write(cont)
b.close()

你可以加一个预处理，如果你的6000多条序列是有序的，就不必要全文 比较了，这样就会块很多

字符串操作，特别是replace split都是很慢的，我建议你做一个预处理，把这些数据装入数据库
然后再利用数据库去查询。

• 这有个类似的问题, 你可以参考下: https://ask.csdn.net/questions/7745154
• 这篇博客也不错, 你可以看下Python编程语言学习：列表与字典互转的几大方法集锦、从列表中按顺序循环抽走一个元素输出剩余元素之详细攻略
• 同时，你还可以查看手册：python- 定义扩展类型：已分类主题- 属性管理 中的内容
• 除此之外, 这篇博客: 【软件测试 Python自动化】全网最全大厂面试题，看完以后你就是面试官！中的 十五、软件系统中除用户文档之外，文档测试还应该关注哪些文档？ 部分也许能够解决你的问题, 你可以仔细阅读以下内容或跳转源博客中阅读:
  

• 参考答案：

  开发文档
  软件需求说明书
  数据库设计说明书
  概要设计说明书
  详细设计说明书
  可行性研究报告
  管理文档
  项目开发计划
  测试计划
  测试报告
  开发进度月报
  开发总结报告

• 您还可以看一下 王进老师的跟着王进老师学开发Python篇：基础入门案例讲解课程中的 案例06：统计各种字符的数量的功能实现小节, 巩固相关知识点
  

看起来可以用正则试试

关于python程序运行慢的问题，你这里使用到了两个循环，中间还用到了搜索和字符串的分割操作，建议合并下，在一个循环中完成。其次有两行给c赋值的语句，我看下面没有用到c，可以删除掉。

引用new bing部分回答作答：
两个问题，
1 在处理序列时，您将换行符包含在每个序列中，这会使每个序列的长度加倍，增加了处理时间。
2 您的代码在读取完整个文件后才开始处理序列，这可能需要很长时间，尤其是对于大文件。
修改代码如下：

import re
import time

# 打开输入和输出文件
with open("saccharomyces cerevisiae.R64-1-1.cdna.all.fa", "r") as a, \
        open("TGA genes .fa", "w") as b:

    start_time = time.time()  # 记录开始时间

    # 初始化变量
    current_seq = ""
    seq_name = ""

    # 逐行读取输入文件
    for line in a:
        line = line.strip()  # 删除行末的换行符

        if line.startswith('>'):
            # 如果是序列名行，将前一个序列写入输出文件
            if current_seq and re.search(r".+TGA$", current_seq):
                b.write(f"{seq_name}\n{current_seq}\n")

            # 保存新的序列名和当前序列
            seq_name = line
            current_seq = ""

        else:
            # 如果是序列行，将其添加到当前序列中
            current_seq += line

    # 处理最后一个序列
    if current_seq and re.search(r".+TGA$", current_seq):
        b.write(f"{seq_name}\n{current_seq}\n")

    elapsed_time = time.time() - start_time  # 计算代码运行时间
    print(f"代码运行时间：{elapsed_time:.2f}秒")

这个修复后的代码使用了一个 while 循环，逐行读取输入文件并逐个处理序列。这种方法避免了将整个文件读入内存的问题，因此可以更快地处理大文件。此外，该代码只将最终满足条件的序列写入输出文件，而不是将所有序列都存储在一个列表中，这也可以减少内存占用并提高代码性能。

有很多原因导致 Python 程序运行慢。以下是一些可能的原因：

算法问题：在代码中使用了复杂的算法，这会导致程序的执行时间变长。可以考虑使用更有效的算法来优化程序。

数据结构问题：使用不适当的数据结构也会导致程序运行速度变慢。如果数据量较大，建议使用高效的数据结构，如哈希表、红黑树等。

内存问题：内存管理不当也会导致程序运行缓慢。可以考虑使用生成器或迭代器等方法来减少内存占用。
基于ChatGPT4与博主叶秋学长的回答，望采纳！！！有其他问题也可以询问我哦💕：
编码问题：Python 的解释器是解释执行的，因此 Python 代码的运行速度相对较慢。可以考虑使用 JIT（Just-In-Time）编译器或者将关键部分的代码转成 C 语言等方式来加速程序。

IO操作：IO 操作也是影响程序性能的一个重要因素。如果读写文件频繁，建议使用缓冲区等方式来提高 IO 效率。

根据你提供的信息，我无法确定具体的问题出现在哪里。你可以检查一下你的代码并尝试找到哪个部分造成了程序延迟。另外，如果你能够提供更多细节和代码片段，我可以帮你进一步分析和优化程序。