无论是什么蛋白质配体文件,每次到运行这一代码总会报错。想不清这是为什么?请问该怎么解决呢?谢谢解答!
你用的哪个版本的linux
首先,根据报错信息,可以看到是与输入文件有关的问题。因此,我们需要检查输入文件是否正确。
其次,根据报错信息中的“Fatal error”,可以看到这是一个致命错误,因此我们需要认真查看错误信息,找出具体出错的原因。
然后,根据报错信息中的“maxwarn 700”,可以看到是最大警告数为700,因此我们可以尝试增加最大警告数来看看是否能够解决问题。
最后,我们可以参考Gromacs官方文档或者向Gromacs官方社区寻求帮助,以解决这个问题。
下面是一些可能有用的命令和代码:
检查输入文件是否正确:
gmx check -f <input_file>
查看错误信息:
cat <error_file>
增加最大警告数:
gmx grompp -f ions.mdp -c GC_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 1000
Gromacs官方文档:https://manual.gromacs.org/documentation/current/index.html
Gromacs官方社区:https://gromacs.bioexcel.eu/