想提取mimicIV数据库的有关腹内压的数据,用的chatgpt的代码,不知道为什么提不出来
SELECT DISTINCT itemid, label
FROM d_labitems
WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%'
UNION
SELECT DISTINCT itemid, label
FROM d_items
WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%'
UNION
SELECT DISTINCT itemid, label
FROM d_procedures
WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%';
报错如下
错误: 关系 "d_labitems" 不存在
LINE 2: FROM d_labitems
^
您的查询中涉及的表名有误,或者这些表在数据库中不存在。或者您可能没有正确地连接到MIMIC-IV数据库。你检查一下呗。
把d_labitems修改成你数据库里面有的表名
您好,根据您提供的报错信息,可能是mimicIV数据库中没有d_labitems表,导致查询失败。可以尝试使用以下代码查询相关数据:
SELECT itemid, label
FROM d_items
WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%'
UNION
SELECT itemid, label
FROM d_procedures
WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%';
这个查询语句会先在d_items表中查找标签中包含“abdominal pressure”的数据,然后再在d_procedures表中查找。如果表名或字段名不匹配,也会导致查询失败,请仔细检查。
另外,如果您需要提取具体的腹内压数据,可以根据上述查询结果中的itemid,到chartevents表或者numericdatablob表中查找相关数据。比如,可以使用以下代码查询chartevents表中itemid为227457的腹内压数据:
SELECT *
FROM chartevents
WHERE itemid = 227457;
希望以上内容能够对您有所帮助。
MIMIC数据库中,一个患者在住院期间往往会多次入ICU,那么如何提取患者首次入ICU的信息?
思路:患者入ICU信息存储在mimic_icu.icustays表中,intime为患者入ICU的时间。我们的思路是根据患者的subject_id分组,然后以intime升序排序,看每行记录对应的是该患者第几次入ICU,最后取第一次入ICU的,即为首次入ICU信息。
用示意图简单表示,比如233患者三次入ICU,我们需要根据入ICU时间intime从小到大生成排名,也就是入ICU顺序。
图片
为了实现这个思路,我们需要用到row_number()排名函数,用SQL实现如下
这个SQL的意思是:以subject_id分组,每组以intime从小到大排序,生成排名,比如该subject_id下最小的intime所在的这一行,排名设为1。
查询结果如下:
图片
接着,我们需要从这个查询的结果中取stay_order=1的,那么如何从这些查询结果中再查询数据呢?有很多种方式都可以实现,比如将上述查询的结果创建成表、物化视图、或者用子查询,这里介绍一个比较优雅的常用的方案,with子句。
with可以将查询结果作为一个临时表,供后续查询复用该临时表,这样可以将复杂的大型查询分解为多次简单查询。
用SQL实现提取首次入ICU信息:
在这里,我们将前文中生成患者入ICU顺序的语句放到stay_order_view这个临时表中,然后从stay_order_view中获取in_order=1的所有数据,查询结果如下,可以看到提取出了患者首次入ICU的stay_id。
然后如果要获取患者首次入ICU的其他信息,只需要用该查询结果中的stay_id或者hadm_id在其他表进行关联查询即可
图片
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数据库
database
以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写:
这个错误提示说明在你的mimic数据库中不存在名为"d_labitems"的关系,也就是相当于这个数据库中没有"d_labitems"这个表,因此不能够执行从该表中查询数据的操作。这可能是因为你的mimic数据库版本不同于你找到的代码中使用的版本,或者原本的作者在代码中没有提供这个表的定义。
你可以尝试连接一下mimic数据库,使用\dt
命令查看一下,确保表"d_labitems"在该数据库中确实存在,或者使用psql (或者pgadmin等工具)
输入以下语句查看表是否存在,并查看表的schema和名称是否正确:
\dt your_database_name.*
如果你确认该表确实不存在,你需要将这个表创建到你的mimic数据库中,并将数据导入到该表中。
下面是一个实现从d_labitems、d_items和d_procedures表中提取腹内压数据的SQL查询语句的代码,供参考:
SELECT itemid, label FROM d_labitems WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%'
UNION SELECT itemid, label FROM d_items WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%'
UNION SELECT itemid, label FROM d_procedures WHERE label ILIKE '%abdominal%pressure%';
这个SQL查询语句首先在d_labitems表中查找包含“abdominal pressure”字符串的label,然后使用UNION连接到d_items和d_procedures表中包含相同字符串的label,最后返回itemid和label。 请注意,这仅仅是一个查询语句,你需要将其与你的代码整合起来来实现你的目的。
如果我的回答解决了您的问题,请采纳!