R语言绘制火山图对数据使用case when函数报错

问题，绘制火山图时使用case when函数报错，读入文件格式如图，代码如下。请问报错原因是什么？是否是因为R语言并非最新版或是数据格式有误，数据仅包含gene name、log2FC、pvalue三列。如果需要补充信息请留意

> library(EnhancedVolcano)
> library(tidyverse)
── Attaching core tidyverse packages ────────────────────────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr     1.1.1     ✔ readr     2.1.4
✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.0
✔ lubridate 1.9.2     ✔ tibble    3.2.1
✔ purrr     1.0.1     ✔ tidyr     1.3.0
── Conflicts ──────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package to force all conflicts to become errors
Warning messages:
1: 程辑包‘tidyverse’是用R版本4.2.3 来建造的 
2: 程辑包‘tibble’是用R版本4.2.3 来建造的 
3: 程辑包‘tidyr’是用R版本4.2.3 来建造的 
4: 程辑包‘readr’是用R版本4.2.3 来建造的 
5: 程辑包‘purrr’是用R版本4.2.3 来建造的 
6: 程辑包‘dplyr’是用R版本4.2.3 来建造的 
7: 程辑包‘forcats’是用R版本4.2.3 来建造的 
8: 程辑包‘lubridate’是用R版本4.2.3 来建造的
> df <- read.csv("volcano.csv", header = T,row.names = 1)
>group<-case_when(df$log2FoldChangeC<(-1)&df$pvalue<0.05 ~"#9AAFEF",
+                  df$log2FoldChange>(1)&df$pvalue<0.05 ~"#EDB4B4",
+                  df$pvalue >= 0.05 ~"#b5b5b5",
+                  abs(df$log2FoldChange)<= 1 ~"#b5b5b5")
Error in `case_when()`:
! Can't recycle `..1 (left)` (size 0) to match `..2 (left)` (size 1271).
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.

img

img

引用chatGPT作答，这个错误信息的意思是不能将大小为0的对象“..1（left）”与大小为1271的对象“..2（left）”进行循环使用。很可能是由于您的case_when()函数中的某些条件未正确编写导致的。

请注意，在您的代码中有一处笔误，即：

df$log2FoldChangeC<(-1)

应该改为：

df$log2FoldChange<(-1)

这是一个可能导致错误的原因。如果您的数据框中没有“log2FoldChangeC”列，则这将导致无法找到该列并返回空值，从而导致向量大小为0。

另一个可能导致错误的原因是条件的逻辑错误。请确保您的条件表达式能够正确地评估所有行，并返回长度为1271的向量。

您可以尝试使用ifelse()函数来替换case_when()函数，并检查是否存在任何条件逻辑错误。

group <- ifelse(df$log2FoldChange < -1 & df$pvalue < 0.05, "#9AAFEF",
                 ifelse(df$log2FoldChange > 1 & df$pvalue < 0.05, "#EDB4B4",
                        ifelse(df$pvalue >= 0.05, "#b5b5b5",
                               ifelse(abs(df$log2FoldChange) <= 1, "#b5b5b5", NA))))

此外，建议您更新R版本以避免出现一些由版本不兼容性引起的问题。

你把源码和数据集发给我看一下

该错误通常出现在 dplyr 函数库的 case_when 函数中，提示无法对向量进行重复使用。

根据错误信息，可能存在的问题是，向量的长度不一致所导致的。具体来说，函数中使用的向量 df$1og2Fo1dChangeC 的长度为 0，与其他向量的长度不一致，导致了向量重复使用时的错误提示。

解决这个问题的方法有多种，具体方法取决于数据和分析的具体情况。以下是一些可能有用的建议：

检查向量的长度。确认向量的长度是否与预期一致。如果长度不一致，可以使用 length() 函数或其他函数进行调整。

确认向量的类型。确认向量的数据类型是否正确。例如，如果向量是字符向量，则需要用引号将其括起来。

检查语法错误。仔细检查代码中是否存在语法错误，例如括号、引号等的不匹配。

考虑使用其他函数。如果 case_when 函数无法正常工作，可以尝试使用其他函数，例如 ifelse() 或 switch() 等。

需要注意的是，这只是一些可能有用的建议，具体方法需要根据具体情况进行选择。在排查问题时，可以使用 rlang::last_trace() 函数来查看错误信息，以便更好地找到并解决问题。

以下内容部分参考ChatGPT模型：
这个错误是因为在使用case_when()函数时，条件不满足导致输出为空值，而空值无法进行循环使用，导致错误。可以使用if_else()函数来替代case_when()函数，避免出现空值。

下面是代码示例：

library(EnhancedVolcano)
library(tidyverse)

df <- read.csv("volcano.csv", header = T, row.names = 1)

group <- if_else(df$log2FoldChange < (-1) & df$pvalue < 0.05, "#9AAFEF",
                 if_else(df$log2FoldChange > 1 & df$pvalue < 0.05, "#EDB4B4",
                         if_else(df$pvalue >= 0.05, "#b5b5b5",
                                 if_else(abs(df$log2FoldChange) <= 1, "#b5b5b5", NA_character_))))

在上述代码中，if_else()函数的使用方式与case_when()函数类似，但是当条件不满足时，输出为NA值，避免了空值的出现。

以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写：
根据报错信息，问题出现在 case_when() 函数中，针对变量 df$log2FoldChangeC 的判断条件中，似乎此变量不存在或为空，导致无法正确计算。其中，左侧的 ..1 变量没有值（size 0），而右侧的 ..2 变量包含了 1271 个值（size 1271）。

这个问题可能有两个解决方案：

  1. 检查 df 数据框中的列名，确认是否应该使用 df$log2FoldChangeC 而不是 df$log2FoldChange，可能是输入文件有误导致的。

  2. 检查 df 数据框中是否有缺失值存在，如果有，则可以使用 na.rm = TRUE 参数将它们忽略，如：

group<-case_when(df$log2FoldChangeC<(-1)&df$pvalue<0.05 ~"#9AAFEF",
                  df$log2FoldChange>(1)&df$pvalue<0.05 ~"#EDB4B4",
                  df$pvalue >= 0.05 ~"#b5b5b5",
                  abs(df$log2FoldChange)<= 1 ~"#b5b5b5",
                  TRUE ~ "#000000", na.rm = TRUE)

在这个例子中，增加了一个 TRUE ~ "#000000" 的语句，为 data.frame 中其他未匹配到的行指定一个黑色（#000000）的替代颜色和绘制标准火山图的方法。

最后，检查一下是否使用了正确的 df$log2FoldChangeC 列名，并使用 rlang::last_trace() 函数来查看详细的出错信息，以帮助确定实际问题。

完整的代码如下：

library(EnhancedVolcano)

df <- read.csv("volcano.csv", header = TRUE, row.names = 1)

group <- case_when(df$log2FoldChangeC < (-1) & df$pvalue < 0.05 ~ "#9AAFEF",
                   df$log2FoldChange > 1 & df$pvalue < 0.05 ~ "#EDB4B4",
                   df$pvalue >= 0.05 ~ "#b5b5b5",
                   abs(df$log2FoldChange) <= 1 ~ "#b5b5b5",
                   TRUE ~ "#000000", na.rm = TRUE)

volcano(df, col = group)

希望能对您有所帮助！
如果我的回答解决了您的问题，请采纳！

该回答引用ChatGPT
根据报错信息，可以看到问题出在 case_when() 函数中，不能将两个向量进行递归。因此，需要检查一下输入数据的列名是否正确，是否有误。

在代码中，case_when() 函数中涉及到 df$log2FoldChangeC 列，但是前面读入的数据中并没有这一列，应该是 df$log2FoldChange 列，已经加了后缀 C 的错误。因此需要将代码中的 df$log2FoldChangeC 修改为 df$log2FoldChange 后再次运行，代码如下：

R
library(EnhancedVolcano)
library(tidyverse)

df <- read.csv("volcano.csv", header = T, row.names = 1)

group <- case_when(df$log2FoldChange < (-1) & df$pvalue < 0.05 ~ "#9AAFEF",
                   df$log2FoldChange > 1 & df$pvalue < 0.05 ~ "#EDB4B4",
                   df$pvalue >= 0.05 ~ "#b5b5b5",
                   abs(df$log2FoldChange) <= 1 ~ "#b5b5b5")


这样就可以正常地运行了。