关于#Allhic#的问题,如何解决?

您好,我的物种是二倍体,2n=34,在用ALLHIC挂载染色体时,其中的一步是将conig根据相互之间信号的强弱进行分组,ALLHiC_partition -b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e AAGCTT -k 16,这里的K值我用了17,15、10,34,但是结果都没变化,被分成了49组,请问这该如何解决呢?

参考GPT和自己的思路:您好,根据您提供的情况,推测您可能需要调整ALLHIC_partition命令中的参数来解决问题。建议您尝试以下方法:

  1. 调整-e参数的值,试试其他限制性内切酶,比如GGCGCGCC或GATATC等。
  2. 调整-b参数中的bam文件,检查是否有缺失数据或是碱基质量有问题,建议尝试重新生成或是用其他bam文件做尝试。
  3. 调整-k参数的值,可以从10-20之间调整。
    同时,建议您查看ALLHIC_partition的日志文件,检查其中是否有报错信息或警告信息,以便更好地定位问题。