关于#GSEA#的问题，如何解决？(标签-JAVA|关键词-Set)

GSEA运行时总是出现read timed out是为什么？

JAVA11，GSEA4.3.2



---- Full Error Message ----
com.enterprisedt.net.ftp.ControlChannelIOException: Read timed out

---- Stack Trace ----
# of exceptions: 1
------com.enterprisedt.net.ftp.ControlChannelIOException: Read timed out------
java.io.IOException: com.enterprisedt.net.ftp.ControlChannelIOException: Read timed out
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.genome.parsers.ParserFactory.createInputStream(ParserFactory.java:1081)
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.genome.parsers.ParserFactory.createInputStream(ParserFactory.java:1112)
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.genome.parsers.ParserFactory.readGeneSetMatrix(ParserFactory.java:606)
    at org.gsea_msigdb.gsea/xtools.api.param.GeneSetMatrixMultiChooserParam._getObjects(GeneSetMatrixMultiChooserParam.java:95)
    at org.gsea_msigdb.gsea/xtools.api.param.GeneSetMatrixMultiChooserParam._getGeneSets(GeneSetMatrixMultiChooserParam.java:167)
    at org.gsea_msigdb.gsea/xtools.api.param.GeneSetMatrixMultiChooserParam.getGeneSetMatrixCombo(GeneSetMatrixMultiChooserParam.java:44)
    at org.gsea_msigdb.gsea/xtools.gsea.Gsea.execute(Gsea.java:157)
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.xbench.tui.TaskManager$ToolRunnable.run(TaskManager.java:391)
    at java.base/java.lang.Thread.run(Unknown Source)
Caused by: com.enterprisedt.net.ftp.ControlChannelIOException: Read timed out
    at edtftpj/com.enterprisedt.net.ftp.FTPControlSocket.readLine(FTPControlSocket.java:1053)
    at edtftpj/com.enterprisedt.net.ftp.FTPControlSocket.readReply(FTPControlSocket.java:1088)
    at edtftpj/com.enterprisedt.net.ftp.FTPControlSocket.sendCommand(FTPControlSocket.java:1012)
    at edtftpj/com.enterprisedt.net.ftp.FTPClient.quit(FTPClient.java:4332)
    at edtftpj/com.enterprisedt.net.ftp.FileTransferClient.disconnect(FileTransferClient.java:1089)
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.genome.io.FtpSingleUrlTransferCommand.retrieveAsInputStream(FtpSingleUrlTransferCommand.java:137)
    at org.gsea_msigdb.gsea/edu.mit.broad.genome.parsers.ParserFactory.createInputStream(ParserFactory.java:1077)
    ... 8 more

参考GPT和自己的思路：

这个问题的原因可能是由于网络存在问题或FTP服务器不稳定导致的。根据错误提示，可以看到是FTP操作出现问题，可能无法读取数据，建议您检查网络连接和FTP服务器稳定性，或者尝试更换另一个FTP服务器以避免此问题。另外，您还可以尝试增加GSEA的超时限制，测试是否可以解决问题。在JAVA 11和GSEA 4.3.2的环境下，可以通过在命令行中使用-dftpTimeout选项来设置超时时间。例如，您可以使用以下命令：java -jar gsea-cli.jar -dftpTimeout=1200。这将将FTP超时限制设置为1200秒（20分钟），可以根据需要进行调整。如果还有问题，建议您查阅GSEA的文档或者向官方技术支持反馈问题。

该回答引用自ChatGPT

这个错误是由于FTP服务器没有返回数据造成的，可能是由于服务器太忙或网络问题导致的。可以尝试以下解决方法：

检查网络连接是否正常，尝试使用其他网络连接。
尝试更改GSEA配置文件中的FTP传输模式，将其更改为被动模式。
尝试使用另一个FTP源或使用本地文件代替FTP文件。
尝试增加GSEA的超时时间。在GSEA安装目录下找到gsea.properties文件，将org.gsea_msigdb.gsea.maxFtpRetries和org.gsea_msigdb.gsea.ftpRetryInterval属性的值增加。

如果以上方法都无法解决问题，可以尝试联系FTP服务器管理员或GSEA开发人员进行咨询。