将DICOM批量转化成PNG格式报错

问题遇到的现象和发生背景

使用yala / OncoData_Public Public将DICOM格式批量转化PNG格式报错

遇到的现象和发生背景，请写出第一个错误信息

图片转化不成功

用代码块功能插入代码，请勿粘贴截图。 不用代码块回答率下降 50%

我使用如下代码加载dicom_to_png.py程序

python dicom_to_png.py \
    --dicom_dir /media/bsuo/Elements/CT_image/NLST-937/manifest-NLST_allCT/NLST/ \ 
    --png_dir /media/bsuo/Elements/CT_image/NLST-937/manifest-NLST_allCT/Sybil_PNG/ \
    --dcmtk \
    --dicom_types generic \
    --window

运行结果及详细报错内容

[Errno 2] No such file or directory: 'dcmj2pnm'

我想要达到的结果，如果你需要快速回答，请尝试 “付费悬赏”

希望帮忙debug

基于最新版ChatGPT4的回答，望采纳!!!有其他问题也可以询问我哦、”(最新版更智能，功能更加强大)

根据报错信息，“[Errno 2] No such file or directory: 'dcmj2pnm'”可以看出是缺少dcmj2pnm这个命令。dcmj2pnm是dcmtk库中的一个命令，用于将DICOM图像转换为其他图像格式。在使用该命令前，需要先安装dcmtk库。

解决方法如下：

1. 确认dcmtk库是否已经安装。在终端中输入以下命令检查：

dcmj2pnm -h

如果提示“-bash: dcmj2pnm: command not found”，则说明dcmtk库未安装。

1. 安装dcmtk库。在终端中输入以下命令安装：

sudo apt-get install dcmtk

如果提示“E: Unable to locate package dcmtk”，则说明dcmtk库未在系统源中，需要添加源后再安装。可以在终端中输入以下命令添加dcmtk库源：

sudo add-apt-repository ppa:dcmtk/daily
sudo apt-get update
sudo apt-get install dcmtk

1. 安装完成后，重新运行脚本即可。

2. 如果以上方法不起作用，还可以尝试以下方法：

   1. 手动安装dcmtk库。在dcmtk官网（https://dicom.offis.de/dcmtk.php.en）下载最新版本的dcmtk源码，解压后按照官方文档（https://dicom.offis.de/dcmtk.php.en/manuals/dcmtk/installation_guide.html）进行编译和安装。
   2. 确认dcmj2pnm是否已经在系统的PATH环境变量中。在终端中输入以下命令检查：

   echo $PATH
   

   如果没有看到dcmtk库的安装路径，可以手动将其添加到PATH环境变量中。在终端中输入以下命令：

   export PATH=$PATH:/path/to/dcmtk/bin
   

   其中，/path/to/dcmtk是dcmtk库的安装路径。可以使用which命令来确定dcmj2pnm的实际路径：

   which dcmj2pnm
   

   1. 如果还是不能解决问题，可以尝试升级或重新安装dcmtk库，或者查看操作系统和dcmtk库的兼容性是否存在问题。

dcmj2pnm这个目录不存在，或者路径不对，如果是前者，先调用 mkdir dcmj2pnm 创建一个。

以下答案由GPT-3.5大模型与博主波罗歌共同编写：
根据错误信息，看起来是操作系统没有找到 dcmj2pnm 工具造成的。因为现在的 DICOM 转换工具非常多，具体解决方法可能需要看 dicom_to_png.py 的代码，并根据代码中使用的工具进行安装。

不过，根据参数 --dcmtk，猜测可能需要安装 DCMTK 软件包，因为 dcmj2pnm 工具是 DCMTK 软件包的一部分。你可以参考以下步骤安装 DCMTK：

1. 在 Linux 上打开终端，使用以下命令安装 DCMTK：

   sudo apt-get install dcmtk
   

   如果您使用的是 macOS，则可以使用 brew 包管理器安装 DCMTK：

   brew install dcmtk
   

2. 安装完成后，通过以下命令检查安装是否成功：

   dcmj2pnm --version
   

   如果能看到版本信息，则表示安装成功。

3. 再次运行脚本以将 DICOM 转换成 PNG 格式。

希望以上步骤可以帮到您解决问题。如果还有其他疑问或需要进一步的帮助，请及时回复。
如果我的回答解决了您的问题，请采纳！

看这个报错是找不到 "dcmj2pnm" 这个命令或文件；
也还有可能是因为该工具未正确安装或未添加到系统路径中，导致程序无法调用该命令。你可以心安检查DCMTK的安装和配置是否正确。

如果以上回答对您有所帮助，望采纳～谢谢

参考GPT:根据报错信息，程序无法找到名为'dcmj2pnm'的文件或目录。 'dcmj2pnm'是DCMTK（DICOM Toolkit）的一部分，这个命令用于将DICOM图像转换为其他格式（例如PNG）。

请确认DCMTK已经正确地安装在您的系统上，并且'dcmj2pnm'可用于命令行。您可以在终端或命令提示符下输入'dcmj2pnm'，如果提示“未找到命令”等错误，则需要安装或设置DCMTK。

如果DCMTK已正确安装，但是'dcmj2pnm'仍然无法找到，则需要将DCMTK的bin目录添加到系统的PATH环境变量中，以确保系统可以找到'dcmj2pnm'等工具。

如果你取相对路径不是在主文件里，可能就会有相对路径问题："No such file or directory"。
因为 python 的相对路径，相对的都是主文件。
如下目录结构：

| -- main.py
     | -- conf.py
     | -- start.png
| -- config.txt

main.py 是主文件。
conf.py 里引用 config.txt 用相对路径。
如果用 . 或 . . 相对的是 main.py，所以用 "./config.txt"，相对于 main.py 是同一个目录下。
. 指当前文件所在的文件夹，. . 指当前文件的上一级目录。

参考GPT:
根据报错信息来看，是因为程序找不到名为"dcmj2pnm"的文件或目录而导致的错误。dcmj2pnm是dcmtk工具包中的一个可执行文件，它用于将DICOM图像转换为其他格式。这意味着您需要安装dcmtk工具包，并确保该文件位于系统的PATH环境变量中。

尝试使用以下命令检查dcmtk是否正确安装并且dcmj2pnm是否可用：

css
Copy code
dcmj2pnm --version
如果您收到类似于“command not found”或“未找到命令”的错误，请确保dcmtk已正确安装并已将其添加到系统PATH变量中。

如果您已经安装了dcmtk但仍然遇到此错误，请尝试在终端中输入以下命令以查找dcmj2pnm的位置：

lua
Copy code
find / -name dcmj2pnm
然后将结果添加到您的PATH环境变量中。

如果您仍然遇到问题，请在dcmtk支持论坛上发布您的问题：https://forum.dcmtk.org/%E3%80%82

• 你可以参考下这篇文章：将 JPG 或 PNG 图像转换为 Dicom