bracken-build报错

bracken报错

运行nohup bracken-build -d ~/db/kraken2-1 -t 8 -k 35 -l 150 &>bracken-build1.log &
在最后一步时报错    
>>STEP 4: CONVERTING KMER MAPPINGS INTO READ CLASSIFICATIONS:
        150mers, with a database built using 35mers
        0 sequences converted.../gdata01/user/zhanggh/miniconda3/envs/zshmeta2/bin/bracken-build: line 166: 12493 Segmentation fault      kmer2read_distr --seqid2taxid $DATABASE/seqid2taxid.map --taxonomy $DATABASE/taxonomy/ --kraken $DATABASE/database.kraken --output $DATABASE/database${READ_LEN}mers.kraken -k ${KMER_LEN} -l ${READ_LEN} -t ${THREADS}

参考GPT和自己的思路：

根据你提供的错误信息和命令，这个问题可能是由于内存不足或其他原因导致了进程崩溃。您可以尝试以下几种解决方法：

  1. 确保系统有足够的可用内存和硬盘空间。试着停止其他占用大量内存的进程，并清理临时文件以释放磁盘空间。

  2. 尝试减小“-t”参数的数值。这个参数表示用多少个线程来运行程序，过多的线程可能导致内存压力增大。

  3. 升级kmer2read_distr工具到最新版本，以解决可能的bug。

  4. 将“-k”参数设为更小的值，例如30或25。通过减小Kmer大小，可以减小内存占用。

  5. 将“-l”参数设置为更小的150值，以减少内存使用率。

如果以上解决方法都没有解决问题，建议尝试联系bracken-build的开发团队以获取帮助和支持。

参考GPT和自己的思路：

根据你提供的信息，bracken-build在最后一步时报错，出现了Segmentation fault错误。这个错误一般是指程序访问了不存在或者未被分配的内存空间，导致程序崩溃。这个问题需要进一步的调试，以下是一些可能可以解决这个问题的建议：

  1. 检查输入参数是否正确：确定输入参数是否正确，并与程序文档进行比较，以确保没有输入错误的参数。

  2. 检查程序的工作环境：确保程序所需的软件和库已经正确安装，并且环境变量已经正确设置。

  3. 确认输入数据的正确性：如果数据文件有错误，也可能导致程序出现Segmentation fault错误。你需要确保输入数据文件格式正确，没有损坏或者有错误的行。

  4. 调整内存分配：有时候程序的内存分配会导致Segmentation fault错误，你可以尝试调整内存的分配大小或者使用更高配置的计算机来运行程序。

希望这些建议可以帮助你解决这个问题。

这是转换分类的错误，看看你的数据