alias gatk='/usr/local/bin/gatk-4.3.0.0/gatk'
bash: alias: =: not found
bash: alias: /usr/local/bin/gatk-4.3.0.0/gatk: not found
该回答引用GPTᴼᴾᴱᴺᴬᴵ
这是因为你的终端启动时执行了一个叫做/.bashrc的文件，其中包含了一些命令和设置，包括了设置alias的命令。看起来你在/.bashrc中设置了gatk的alias，但是这个alias没有被正确设置。提示中的错误信息显示，bash无法识别等号左边和右边的值。
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你可以打开/.bashrc文件，查找gatk的alias设置并确保其语法正确。如果有错误，修复它们，然后保存文件并重启终端。如果你不确定怎么修复，请提供你的/.bashrc文件，我们可以一起来看看。