Rstudio使用‘clusterProfiler’包进行KEGG富集分析时,无法富集成功,显示No gene can be mapped,确认代码和gene没有问题,之前也是这样运行成功过的,现在就不知道哪里出问题了。谁知道怎么解决一下?
代码如下:
DEGs #差异基因列表
#将gene转换为EntrezID,
degs_list_EntrezID = mapIds(x = org.Hs.eg.db,
keys = DEGs,
keytype = "SYMBOL",
column = "ENTREZID",
multiVals = "first")
as.data.frame(degs_list_EntrezID)
R.utils::setOption( "clusterProfiler.download.method",'auto' )
enrich_kegg_res = enrichKEGG(gene = degs_list_EntrezID,
organism = "hsa",
keyType = "kegg")
#Reading KEGG annotation online:
#Reading KEGG annotation online:
#--> No gene can be mapped....
#--> Expected input gene ID:
#--> return NULL...
#问题.....
你把代码文件发给我我运行一下试试
请问解决了吗,我也碰到了,最近好像涉及enrichKEGG()就运行不下去了