R语言计算系统发育多样性picante包

在计算系统发育多样性指数遇到的问题，请问如何解决：

计算系统发育多样性时，输入PD<-pd(sample_abu_plot,tree)，
出现Error in UseMethod("is.rooted") :
no applicable method for 'is.rooted' applied to an object of class "NULL"
In addition: Warning message:
In drop.tip(tree, treeabsent) : drop all tips of the tree: returning NULL

相同的代码换了一个RStudio版本下载picante包后运行成功计算出了PD，但是再重新加载数据后计算，又报错了，卸载包后重新安装还是不行

请问如何解决，多谢了

这是用plot()查看加载进来的树

可以试试sample_abu_plot这个数据中，将物种名的空格替换为下划线。

参考GPT和自己的思路，这个错误通常是因为输入的phylogenetic tree为空，或者phylogenetic tree不是根节点的。解决此问题的方法取决于具体情况。下面是一些可能有用的解决方案：

1 确保输入的phylogenetic tree不为空，并且已经正确加载。可以使用read.tree函数从文件中加载树。

2 确保输入的phylogenetic tree已经被根化。可以使用root函数对树进行根化。

3 检查输入的tree是否正确。可以使用plot数对树进行可视化，以便检查是否存在问题。可以使用plot.phylo函数进行可视化。

4 确保输入的phylogenetic tree与输入的物种丰度数据集匹配。可以检查phylogenetic tree中的物种名称是否与数据集中的物种名称匹配。

5 如果以上解决方案都不起作用，可以尝试重新安装ape包和picante包。可以使用以下代码重新安装：

install.packages("ape")
install.packages("picante")

该回答引用ChatGPT

能有以下一些解决方案：

1、确保正确加载了相关的包和库。例如，在使用ape包的PD函数之前，需要先加载ape包。你可以尝试使用library()函数来加载。

2、确保输入的树和数据格式正确。数据和树应该分别被正确的加载和格式化。你可以使用summary()函数检查输入数据和树的格式是否正确，并使用plot()函数检查树的拓扑结构是否正确。

3、如果你已经检查了输入的树和数据格式，并且仍然出现这个错误，你可以尝试使用其它的函数或包进行计算。例如，你可以使用picante包中的PD函数，或者使用phyloseq包中的estimatePD函数。

先检查tree对象是否被正确定义和加载。如果未定义，则需要定义一个进化树并将其加载到R中。其次检查sample_abu_plot对象是否包含足够的数据来生成进化树。如果缺少数据，则需要添加足够的数据。