rstudi-server报错,如何解决?

各位好,前一段时间学着在服务器上(centos)跑生信分析,下载BiocManager后,发现加载以后会报警告信息

加载BiocManager以后的报错信息
> library('BiocManager')
Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?  See
  #troubleshooting section in vignette
Warning message:
In file(con, "r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml': status was 'SSL peer certificate or SSH remote key was not OK'

因为加载成功了我也没管,后来用BiocManager下载软件包的时候,直接报错了
查了很多资料,不知道怎么搞

BiocManager下载软件包的报错
> BiocManager::install("tinytex")
错误: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?  See
  #troubleshooting section in vignette

在rstudio-server上尝试也是同样的错误。期望各位能指点一二,感激不尽

该回答内容部分引用GPT,GPT_Pro更好的解决问题
你的问题指的是在CentOS上使用RStudio Server时出现的错误,即加载BiocManager后报出警告信息,并在使用BiocManager安装软件包时报出错误。
这可能是由于服务器上没有正确配置网络代理而引起的,因此在使用BiocManager之前,需要先正确配置代理。首先需要检查服务器上是否已安装了curl,可以通过以下命令检查:

$ curl --version

如果curl未安装,可以使用以下命令安装:

$ sudo yum install curl

安装完成后,可以通过以下命令设置代理:

$ export http_proxy=http://[user]:[password]@[proxyIP]:[port]
$ export https_proxy=http://[user]:[password]@[proxyIP]:[port]

其中user为用户名、password为密码、proxyIP为代理地址、port为代理端口。
设置完成之后,就可以在RStudio Server中正常使用BiocManager了。
如果回答有帮助,望采纳。

该回复引用chatGPT和我
这种情况可能是BiocManager的版本与你的R版本不兼容导致的,建议你更新BiocManager的版本,或者更新R的版本,以解决这个问题。可以使用以下命令来更新BiocManager:
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

参考GPT和自己的思路,这个错误提示可能是由于您的网络连接问题或者是 SSL 证书验证问题引起的。以下是一些可能的解决方案:

1 检查您的网络连接是否正常,确保您可以正常访问互联网。您可以尝试使用其他的网络连接,例如使用手机热点进行连接,看看问题是否得到解决。

2 检查您的 SSL 证书是否正确,可以尝试使用以下命令来更新 SSL 证书:

sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates

如果您使用的是 Windows 操作系统,则可以尝试更新操作系统上的 SSL 证书。

3 尝试手动下载并安装 config.yaml 文件,该文件包含 Bioconductor 的配置信息。您可以使用以下命令将文件下载到您的本地计算机上:

curl -L -o ~/.R/config.yaml https://bioconductor.org/config.yaml

如果您使用的是 Windows 操作系统,则可以手动下载该文件并将其放置在 .R 目录中。

4 如果您使用的是 Linux 操作系统,尝试设置 http_proxy 和 https_proxy 环境变量。您可以使用以下命令来设置环境变量:

export http_proxy=http://your_proxy_server:port/
export https_proxy=https://your_proxy_server:port/

如果您使用的是 Windows 操作系统,则可以尝试设置代理服务器。

希望这些解决方案可以帮助您解决问题。

以下答案基于ChatGPT与GISer Liu编写:
报错信息显示 Bioconductor version 无法验证,提示可能是网络连接的问题。以下是一些可能的解决方案:

  • 检查服务器的网络连接
    首先,需要检查服务器的网络连接是否正常。可以尝试在服务器上使用 ping 命令检查是否能够连接到互联网,例如:

    ping www.google.com
    

    如果连接不上,可能需要检查服务器的网络设置,例如防火墙、代理等等。

  • 检查 Bioconductor 版本
    报错信息中提到了 Bioconductor version,可能是因为当前版本无法验证导致的。可以尝试更新 Bioconductor,例如:

    BiocManager::install(version = "3.14")
    

    这里将 Bioconductor 的版本指定为 3.14,可以根据需要修改版本号。

  • 更改 Bioconductor 的配置
    如果网络连接正常,但仍然出现类似的问题,可以尝试更改 Bioconductor 的配置。可以在 R 代码中使用以下命令来更改配置:

    options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
    

    这里将 Bioconductor 镜像源设置为清华大学的镜像源,可以根据需要选择其他镜像源。

如果以上方法仍然不能解决问题,可以查看 Bioconductor 的官方文档,或者尝试在 Bioconductor 的支持论坛上寻求帮助。

Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
生物导体版本无法验证;没有互联网连接?
从报错来看是网络问题,
思路:
首先检查网络连接情况
其次查看服务器是否有响应,运行是否正常