如何在NCBI上下载高通量的测序数据
我想从NCBI上下载16s、18srRNA的测序数据，目前能够一个一个的下载，但是遇到一个PRJNA中含有几百个SRA（如PRJNA658387 ）或者一个PRJNA中含有的每个SRA的大小很大时如（PRJNA658438）就无法下载，想请教一下如何能够快速从NCBI上下载此类数据，我目前已经尝试了SRA Toolkit 下载数据，但是这个下载下来的是.sra的文件，而不是直接下载下来的fastq.gz文件
另外我在查找资料的过程中发现最新有一种方法是grabseqs这个软件，可以直接根据你需要的PRJNA号下载fatsq文件，但我在使用过程中一直报错，不知道是什么问题？
我的问题是两个：
1.如何将上百个.sra的文件转化为fastq.gz的文件？
2.如何使用grabseqs直接下载PRJNA号下对应的所有fastaq格式的SRA文件？
有用请采纳：
1.这里你就 可以使用 SRA Toolkit 中的 fastq-dump 工具把 .sra 文件转化为 fastq 格式，然后再使用 gzip 工具压缩成 .gz 格式。例如，打开命令行，在命令行中运行：
fastq-dump --split-files --gzip SRRXXXXXXX (其中 SRRXXXXXXX 是SRA文件的编号)
或者，在命令行中运行：
for i in $(ls *.sra); do
fastq-dump --split-files --gzip $i
done
这个代码把当前目录下所有 .sra 文件进行转换。
2.grabseqs ，它是一个用于从NCBI下载高通量测序数据的工具，这个工具需要python环境支持。安装grabseqs之后，你可以使用命令来直接下载PRJNA号下对应的所有fastq格式的SRA文件
grabseqs -p PRJNA658387 -f fastq -o path/to/output/folder
1.可以使用sratoolkit的fastq-dump工具将.sra文件转化为fastq格式。该工具可以在命令行中使用，如：
fastq-dump --gzip --split-files SRR123456.sra
这将生成SRR123456_1.fastq.gz和SRR123456_2.fastq.gz两个文件。
如果要转换多个文件，可以使用循环或并行化。
2.可以使用grabseqs下载PRJNA号对应的所有fastq格式的SRA文件。该工具可以在命令行中使用，如：
grabseqs -p PRJNA123456 -f fastq
这将下载PRJNA123456号项目中所有fastq格式的SRA文件。
1.可以使用SRA Toolkit中的fastq-dump工具将.sra文件转换成fastq.gz的文件。
2.可以使用Grabseqs工具从NCBI下载指定PRJNA号下对应的所有fastq格式的SRA文件，该工具支持多种数据库，并能够自动解析出SRA号，并下载相应的fastq格式的SRA文件。