executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered
[1] NA
[1] NA
null device
1
Calculating module eigengenes block-wise from all genes
Error in if ((power < 1) | (power > 30)) stop("power must be between 1 and 30.") :
missing value where TRUE/FALSE needed
Calls: blockwiseModules
Execution halted 出现这样的报错
这个错误是在使用WGCNA中的blockwiseModules函数时发生的。这个函数是用来计算基因组聚类的模块的。
在遇到这个错误之前,可能已经通过调用WGCNA中的其他函数来建立了基因相似性矩阵或基因网络。然后调用了blockwiseModules函数来计算基因组聚类模块。
在这个函数中,有一个参数叫做power,它用来指定用来计算基因模块的距离度量。这个参数必须在1到30之间。遇到的错误是因为输入的power参数值缺失了,导致了在if语句中的判断出现缺失值的错误。
为了解决这个问题,需要检查调用blockwiseModules函数时传递的参数,确保已经输入了合法的power参数值。
如果在调用blockwiseModules函数时遇到了其他错误,可以试试以下方法来解决问题:
1、确保已经加载了WGCNA包并且在调用函数之前已经正确的初始化了WGCNA环境。
2、检查输入数据是否合法。例如确保传递给函数的基因相似性矩阵是正确的,并且已经被正确地转换成矩阵格式。
3、检查输入数据的大小是否合适。例如确保基因相似性矩阵的行数和列数是相同的,并且数据集足够大,可以被分成足够多的模块。
4、可以试试调整其他的函数参数,看看是否有更优的参数设置。例如可以试试调整TOMType参数的值,看看是否能够得到更好的模块划分。
5、如果使用了并行计算,确保并行环境已经正确地设置并且可以正常使用。如果在调用blockwiseModules函数时看到了"no parallel backend registered"的警告消息,这可能是因为并行环境没有正确设置导致的。
望采纳。
在运行 WGCNA 的 blockwiseModules 函数时遇到错误消息 "Error in if ((power < 1) | (power > 30)) stop("power must be between 1 and 30.") : missing value where TRUE/FALSE needed" 可能是因为 power 参数的值无效。在 WGCNA 中,power 参数是用来调整聚类的边缘的网络密度,取值范围应在 1 到 30 之间。
建议您检查您的代码中 power 参数的值是否在 1 到 30 之间。如果 power 参数的值不在此范围内,请将其修改为在此范围内的值,然后重新运行程序。
此外,还建议您检查 blockwiseModules 函数的其他参数是否设置正确,确保输入数据的格式正确,并查看 WGCNA 文档以获取更多信息。