TCGA和GDCquery获得的基因不符

我在R语言中通过GDCquery下载了某个肿瘤的基因表达矩阵,再通过分析后得到了某个基因,但是在TCGA的官网里,这个肿瘤却没有基因,这是什么原因

如果排除分析导致出错的话,这是正常的。GDCquery是基于GDC数据库的,TCGA数据库更新会比GDC慢大概一个月的,二者是不同步的,再者GDC是包含TCGA、OCG。而OCG包括两项支持癌症分子鉴定的计划,TARGET和CGCI,可以粗略的理解为GDC的数据更全

没有更详细信息,比较难debug

可能是因为分析数据时犯了错,或者TCGA的官网上的信息可能不完整或不准确。