sybyl两次对接打分不一致，分子对接

Sybyl多配体对接和单个配体对接得到的结果不同

因为要进行大量小分子化合物的筛选，所以将化合物能量最小化后存在sybyl的小分子数据库中，文件格式为mdb，然后进行虚筛，得到对接打分。但是当我选择其中得分最高的几个小分子，对其进行能量最小化后再次对接，对接构象和打分结果完全不一样了。有的甚至打分小于0

想请教一下用过sybyl的大佬，是因为我两次对接的配体文件不一样吗，虚筛我用的是mdb，单配体对接我将其能量最小化后存储为mol2格式，但是都是同一个配体，为什么会出现这种状况？

绿色化合物为单次对接构象

希望有知道的大佬知道一下，谢谢！！