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RNA-seq Hisat2比对结果

Hisat2的比对结果可以用cufflinks进行组装吗,我想做lncRNA,看到大部分workflow是用bowtie2+tophat2+cufflinks,但bowtie2建的库tophat2一直报错说error: reads_prep pipe broken,所以改用hisat2比对了。

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