在用GOplot画富集分析图的时候,出现错误
Error in $<-.data.frame
(*tmp*
, "genes", value = character(0)) :
替换数据里有0行,但数据有811
deg_genelist=read.table("deg_genelist.txt") #读入差异分析结果
GO_Enrichment=read.table("data/clusterProfiler_GO_result.txt",
sep="\t",header = T,check.names = F) #读入GO富集分析结果
circ=circle_dat(GO_Enrichment,deg_genelist) #合并上述两个结果
Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "genes", value = character(0)) :
替换数据里有0行,但数据有811
有人说是geneID里面基因间不可用/分隔,得用, 分隔,我试了一下
GO_Enrichment$geneID=gsub("/",", ",GO_Enrichment$geneID)
但是还是报错
而且同样的数据我用clusterFiler画图是可以画出来的
想请问这个报错该怎么解决?
检查一下deg_genelist和GO_Enrichment是否读入成功了,我看你差异结果导入又没有读取表头,其次GO富集结果要这5列数据都齐
circle_dat(terms, genes)
#terms:A data frame with columns for 'category', 'ID', 'term', adjusted p-value ('adj_pval') and 'genes'
#genes:A data frame with columns for 'ID', 'logFC'