第1个是a[0]在前,a[1]在后,第2个正好相反,所以前后不一致了。另外,你这个旋转矩阵感觉有点问题:向量(1,0)旋转-90度,怎么就成(-1,0)了?这不是旋转了180度吗?还有,旋转改用np.dot函数吧?
import numpy as np
a = np.array([1.0, 0.0])
alpha = -0.5*np.pi
x_ = a[1]*np.sin(alpha) + a[0]*np.cos(alpha)
y_ = a[1]*np.cos(alpha) - a[0]*np.sin(alpha)
print(f'[{x_}, {y_}]')