使用bowtie2和featureCounts进行转录组数据分析，在NCBI上下载了质粒信息的.fa和.gff3文件。在序列比对步骤结果正常。
但在比对到注释文件时，我使用gffread将.gff3文件转换成了.gtf文件（命令：gffread -T ./123.gff3 -o 123.gtf）。
再用获得的.gtf文件作为annotation来比对，出现错误提示：Failed to open the annotation file trbA-trbO.gtf, or its format is incorrect, or it contains no 'gene' features.
我更换了.gtf文件中很多提取特征信息的特征值“gene_id,gene_name”等，均不能提取模板。
想向大家请教，出现这种问题应该如何解决呢。还有featureCount对.gff3文件能否使用。
感谢大家的回复！！