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python处理bed文件

处理bed文件,把第四列内容拆分提取出来
存放在字典里,
并输出为txt或者json文件
字典名为patient_genename
例子:ENSG00000186092:OR4F5处理为patient_genename['ENSG00000186092']='OR4F5'

img

各个列是用制表符分隔的吗?试试下面的可不可以:

import pandas as pd

patient_genename = {}
df = pd.read_csv('file.bed', sep='\t', header=None)
for item in df[3]:
    kv = item.split(':')
    patient_genename[kv[0]] = kv[1]

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