用的pycharm, 文件结构如下。 我的运行程序是1_format_the_data.ipynb
运行这个代码
### Generate the genome CSV
genome_file = "raw_data/bacteroidetes_2022_09_03.https://img-mid.csdnimg.cn/release/static/image/mid/ask/825638508266162.png "#left")
json"
cellulose_degrader_file = "raw_data/cellulose_info.tsv"
is_header = True
genome_degrader = {}
output_folder = "data_for_neo4j_bacteroidetes"
for line in open(cellulose_degrader_file, 'r'):
if is_header == True:
is_header = False
else:
fields = line.strip().split("\t")
genome_degrader[fields[0]] = fields[1]
desired_rank = ["superkingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"]
taxon_dict = {}
显示的是找不到路径,怎么解决?
"raw_data/cellulose_info.tsv"
文件夹目录里有这个文件吗?
代码中改成绝对路径试试
应该是 ./raw_data/.............吧
你在前面加一个./试试看
加了,也没用
程序是这个
可以使用下面这种方式指定文件相对路径:
import os
path = os.path.dirname(__file__)
cellulose_degrader_file = os.path.jion(path, "raw_data/cellulose_info.tsv")
...
1.
打开或导入的文件不存在,一般来说在打开这个文件之前都会去文件夹里看一下这个文件到底有没有。但是有时候删除了文件或者是移动了文件的位置却不记得了,只要重新找到这个文件的存储路径将代码更改后即可。
2.
路径的分隔符错误,在不同的系统之上,可能使用的文件路径分隔符也是不同的。像是Windows系统和Liunx系统就是分别使用的是反斜杠和斜杠,根据不同系统使用不同的路径分隔符即可。
3.
文件路径错误,这是最常见的一个错误原因了。因为在python中打开一个文件无论使用的是相对
根据此运行文件../往后腿,推到同级目录下在进入下一目录 退不是../么?