各位大师傅,不懂求问。我在使用trimmomatic 的过程中发现了一个很恼人的问题,希望有懂行的大师傅们给予解答
这是我的trimmomatic调用代码:
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 ERR2357662_1.fastq.gz ERR2357662_2.fastq.gz E_1_trimed_paired.fastq.gz E_1_trimed_unpaired.fastq.gz E_2_trimed_paired.fastq.gz E_2_trimed_unpaired.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30 LEADING:3 TRAILING:3 SLIIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
##为了防止路径出错,我把以上所有调用的文件都放在一个文件夹里
结果我跑出来的结果是这样的
TrimmomaticPE: Started with arguments:
-phred33 ERR2357662_1.fastq.gz ERR2357662_2.fastq.gz E_1_trimed_paired.fastq.gz E_1_trimed_unpaired.fastq.gz E_2_trimed_paired.fastq.gz E_2_trimed_unpaired.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30 LEADING:3 TRAILING:3 SLIIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Multiple cores found: Using 2 threads
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: Index 3 out of bounds for length 3
at org.usadellab.trimmomatic.trim.IlluminaClippingTrimmer.makeIlluminaClippingTrimmer(IlluminaClippingTrimmer.java:56)
at org.usadellab.trimmomatic.trim.TrimmerFactory.makeTrimmer(TrimmerFactory.java:32)
at org.usadellab.trimmomatic.Trimmomatic.createTrimmers(Trimmomatic.java:59)
at org.usadellab.trimmomatic.TrimmomaticPE.run(TrimmomaticPE.java:552)
我尝试过重装软件,改变路径,但是结果怎么跑都是这个鬼样子(原谅本人没有啥有建设性的想法,望大师傅指教)
能让trimmomatic 正常运行就好了,谢谢各位!