大家好,刚接触R语言,想计算微生物群落组装中的MNTD值,但运行了很多次,每次到最后一步时报出下标出界错误,以下是源代码,希望帮忙看看有没有解决方法。
library(picante)
library(ape)
comm<-read.csv("G:\R\out_table.csv",row.names=1)#读入OUT文件
phy<-read.tree("G:\R\tree.nwk")#读入树文件
prune_tree<-prune.sample(comm,phy)#使树文件和OTU表文件对齐
phydist<-cophenetic(prune_tree)#计算每个otu之间距离矩阵
mntd<-ses.mntd(comm,phydist,null.model="taxa.labels",abundance.weighted=T, runs=999)#计算MNTD
write.csv(mntd,file="G:\R\mntd.csv")
这是出现的问题