免疫评分报错Error in if (est_i >= 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed

免疫浸润评分，报错，不知道怎么处理

expr <- read.table("LIHC_fpkm_mRNA_01A.txt",sep = "\t",row.names = 1,check.names = F,stringsAsFactors = F,header = T)
filterCommonGenes(input.f = "LIHC_fpkm_mRNA_01A.txt",
output.f = "LIHC_fpkm_mRNA_01A.gct",
id = "GeneSymbol")
estimateScore("LIHC_fpkm_mRNA_01A.gct",
"LIHC_fpkm_mRNA_01A_estimate_score.txt",
platform="affymetrix")
[1] "1 gene set: StromalSignature overlap= 0"
[1] "2 gene set: ImmuneSignature overlap= 1"
Error in if (est_i >= 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed

主要看报错信息：

Error in if (est_i >= 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed

很明显，est_i>=0的值不是TRUE或FALSE引起的。没看过你的源码，但是很容易猜到，在某些情况下，est_i可能是是无效值，所有造成了这种错误。可以在进行这里判断之前，先判断一下它是不是有数字：is.nan(est_i)。