用betapart包做Beta物种、功能和系统发育多样性及分解结果的解读

代码如图，导入了丰度数据，树，还有性状数据，想要计算该组数据的总体（β）Beta多样性和周转、嵌套结构

btdata<-read_xlsx("birdtrait.xlsx")
btdata<-data.frame(btdata)
btdistance<-vegdist(btdata[,3:22],method="gower")
btnames<-btdata[,2]
btnames<-as.matrix(btnames)
btdist<-as.matrix(btdistance)
colnames(btdist)<-btnames
rownames(btdist)<-btnames
btdist<-as.dist(btdist)
btUPGMA<-hclust(btdist,method='average')
btUPGMA<-as.phylo(btUPGMA)
bpUPGMA<-read.nexus("birdtree.nex")
Z<-read_xlsx('bird1.xlsx')
Z[Z>0]=1
toy.phylobetamulti<-phylo.beta.multi(Z, bpUPGMA, index.family="sor")
toy.functionalbetamulti<-phylo.beta.multi(Z, btUPGMA, index.family="sor")
toy.betamulti<-beta.multi(Z, index.family="sor")
phylomulti<-c(toy.phylobetamulti$phylo.beta.SOR,toy.phylobetamulti$phylo.beta.SIM,toy.phylobetamulti$phylo.beta.SNE,
              toy.phylobetamulti$phylo.beta.SNE/toy.phylobetamulti$phylo.beta.SOR)
functionalmulti<-c(toy.functionalbetamulti$phylo.beta.SOR,toy.functionalbetamulti$phylo.beta.SIM,toy.functionalbetamulti$phylo.beta.SNE,
                   toy.functionalbetamulti$phylo.beta.SNE/toy.functionalbetamulti$phylo.beta.SOR)
betamulti<-c(toy.betamulti$beta.SOR,toy.betamulti$beta.SIM,toy.betamulti$beta.SNE,
             toy.betamulti$beta.SNE/toy.betamulti$beta.SOR)
toy.phylobetapair<-phylo.beta.pair(Z, bpUPGMA, index.family="sor")
toy.functionalbetapair<-phylo.beta.pair(Z, btUPGMA, index.family="sor")
toy.betapair<-beta.pair(Z, index.family="sor")
phylosor<-as.matrix(toy.phylobetapair$phylo.beta.sor)[1,]
phylosim<-as.matrix(toy.phylobetapair$phylo.beta.sim)[1,]
phylosne<-as.matrix(toy.phylobetapair$phylo.beta.sne)[1,]
functionalsor<-as.matrix(toy.functionalbetapair$phylo.beta.sor)[1,]
functionalsim<-as.matrix(toy.functionalbetapair$phylo.beta.sim)[1,]
functionalsne<-as.matrix(toy.functionalbetapair$phylo.beta.sne)[1,]
betasor<-as.matrix(toy.betapair$beta.sor)[1,]
betasim<-as.matrix(toy.betapair$beta.sim)[1,]
betasne<-as.matrix(toy.betapair$beta.sne)[1,]
betadata<-cbind(phylosor,phylosim,phylosne,functionalsor,functionalsim,functionalsne,
                betasor,betasim,betasne,phylomulti,functionalmulti,betamulti)
write.csv(betadata,"betadata.csv")
write.table(betadata,"betadata.csv",row.names=FALSE,col.names=TRUE,sep=",")

代码应该没啥问题，是师兄发给我的，我照着跑了下来，但是我实在不会解读这个数据

结果如下几列

img

结果应该包含总体Beta多样性，以及分解结构

但我实在不知道咋算（哭泣，求帮忙解读一下并告知方法）

那你把数据复制到记事本里面发给我 啊，我我我看看

已经解决-