Probe ID转换为Gene symbol
setwd("")
#读取基因表达文件
probe_exp<-read.table("cancer.probeid.exprs.txt",header=T,sep="\t",row.names=1)
#读取探针文件
probeid_geneid<-read.table("GPL570-55999.txt",header=T,sep="\t")
probe_name<-rownames(probe_exp)
#probe进行匹配
loc<-match(probeid_geneid[,1],probe_name)
#确定能匹配上的probe表达值
probe_exp<-probe_exp[loc,]
#每个probeid应对的geneid
raw_geneid<-as.numeric(as.matrix(probeid_geneid[,3]))
最后一行代码报错：Error in [.data.frame(probeid_geneid, , 3) : 选择了未定义的列
请问各位是怎么解决这个问题的
会不会是代码中行与列的使用范围弄反了，我的情况是把要选的行范围弄成列范围里面了，导致出现了未定义的列，后来修正后，问题就解决了
嗯，是不是你的数据数据集里面那个嗯每一列的名称列名称是不是错误了
我的也出现了同样的问题，最后检查数据集发现数据中列名为＂Gene.Symbol＂，而我打成了"Gene.symbol"