python 同一位置不同的字符以另一个字符代替？怎样实现

我有两条这样的序列文件，现在我想处理的是：将两条序列，合并为一条序列，其中，相同字符的就保留输出，不相同的就以密码子表代替（R=A/G，Y=C/T，M=A/C，K=G/T，S=G/C，W=A/T等形式替换）并输出，如：

原始数据:

A01415
cttatcaattgagcaccggtctcaact
A01416
cttgtccactgagctccggtctcaact

预期结果:
cttrtcmaytgagcwccggtctcaact

区分大小写吗？

d = {'AG':'R','CT':'Y','AC':'M','GT':'K','GC':'S','AT':'W'}

s1 = 'cttatcaattgagcaccggtctcaact'
s2 = 'cttgtccactgagctccggtctcaact'

res = []
for i in range(len(s1)):
    if s1[i]!=s2[i]:
        key = (s1[i]+s2[i]).upper()
        if not d.get(key): key=(s2[i]+s1[i]).upper()
        res.append(d.get(key).lower())
    else:
        res.append(s1[i])

print(''.join(res))