使用rms包中的calibrate函数对生存预测模型进行校准曲线绘制,我的代码如下:
modelforcalibration<-coxph(Surv(time,censor_embolism)~cumulative_risk_stroke,data=dataforcalibration,x=1)
cal<-calibrate(modelforcalibration, cmethod = "KM", method = "boot", u = 1638, m = 400, B = 1000)
plot(cal)
得到了一张校准曲线图,横纵坐标是预测生存概率和实际生存概率
类似这张图:
我的问题:如何能绘制横纵坐标分别是预测事件发生率和实际事件发生率的calibration曲线呢?可以通过参数设置来改变吗?谢谢!
列线图+ Calibration校准曲线
根据points计算每一个性状的得分,Total Points计算病人各个性状的得分总和,以此来判断1年、2年、3年生存率
输入:ID+生存时间+生存状态+年龄+性别+分级+TNM+基因表达
应用:可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。
·校准曲线是实际风险和预测风险对比,曲线约接近对角线,预测效果越好。
·C-index,concordance index,一致性指数,主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度,常用在评价患者预后模型的预测精度中。C-index在0.5-1之间,一般情况下C-index在0.50-0.70为准确度较低:在0.71-0.90之间为准确度中等;而高于0.90则为高准确度。