多个样本单细胞表达数据合并
install.packages("Seurat")
library(Seurat)
setwd("GSE139829_RAW")
fs=list.files('./','^GSM')
library(stringr)
samples=str_split(fs,'',simplify = T)[,1]
lapply(unique(samples),function(x){
y=fs[grepl(x,fs)]
folder=paste(str_split(y[1],'',simplify = T)[,2:3],collapse = '')
dir.create(folder,recursive = T)
file.rename(y[1],file.path(folder,"barcodes.tsv.gz"))
file.rename(y[2],file.path(folder,"genes.tsv.gz"))
file.rename(y[3],file.path(folder,"matrix.mtx.gz"))
})
samples=str_split(fs,'',simplify = T)[,1]运行后出现Error in str_split(fs, "", simplify = T)[, 1] : subscript out of bounds
想问一下怎么解决这个error？
我试出来了，你的fs=list.files('./','^GSM')，你要把引号里的即 './' 换成你数据所在的文件路径，我不知道我表达清楚没，你不懂可以再问私我
您好，请问您解决了吗？我也遇到相同的问题
你得是什么版本的r