nomogram，列线图及其校正曲线：Error in fit$surv.summary[2, , 1] : subscript out of bounds

问题遇到的现象和发生背景

cal <- calibrate(f, cmethod="KM", method="boot", u=5, m=(nrow(rt)/3), B=112)

问题相关代码，请勿粘贴截图

library(survival)
library(regplot)
library(rms)

riskFile="risk.all.txt"      #风险文件
cliFile="clinical.txt"       #临床数据文件

#读取风险输入文件
risk=read.table(riskFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)

#读取临床数据文件
cli=read.table(cliFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)
# cli=cli[apply(cli,1,function(x)any(is.na(match('unknow',x)))),,drop=F]
# cli$Age=as.numeric(cli$Age)

#合并数据
samSample=intersect(row.names(risk), row.names(cli))
risk1=risk[samSample,,drop=F]
cli=cli[samSample,,drop=F]
rt=cbind(risk1[,c("futime", "fustat", "risk")], cli)

#绘制列线图
res.cox=coxph(Surv(futime, fustat) ~ . , data = rt)
nom1=regplot(res.cox,
              plots = c("density", "boxes"),
              clickable=F,
              title="",
              points=TRUE,
              droplines=TRUE,
              observation=rt[10,],
              rank="sd",
              failtime = c(1,3,5),
              prfail = F)
#列线图风险打分
nomoRisk=predict(res.cox, data=rt, type="risk")
rt=cbind(risk1, Nomogram=nomoRisk)
outTab=rbind(ID=colnames(rt), rt)
write.table(outTab, file="nomoRisk.txt", sep="\t", col.names=F, quote=F)

#校准曲线
pdf(file="calibration.pdf", width=5, height=5)
#1年校准曲线
f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ Nomogram, x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=1)
cal <- calibrate(f, cmethod="KM", method="boot", u=1, m=(nrow(rt)/3), B=112)
plot(cal, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1),
     xlab="Nomogram-predicted OS (%)", ylab="Observed OS (%)", lwd=1.5, col="green", sub=F)
#3年校准曲线
f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ Nomogram, x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=3)
cal <- calibrate(f, cmethod="KM", method="boot", u=3, m=(nrow(rt)/3), B=112)
plot(cal, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), xlab="", ylab="", lwd=1.5, col="blue", sub=F, add=T)
#5年校准曲线
f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ Nomogram, x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=5)
cal <- calibrate(f, cmethod="KM", method="boot", u=5, m=(nrow(rt)/3), B=112)
plot(cal, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), xlab="", ylab="",  lwd=1.5, col="red", sub=F, add=T)
legend('bottomright', c('1-year', '3-year', '5-year'),
       col=c("green","blue","red"), lwd=1.5, bty = 'n')
dev.off()

运行结果及报错内容

运行5年校正曲线#5年校准曲线
f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ Nomogram, x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=5)
cal <- calibrate(f, cmethod="KM", method="boot", u=5, m=(nrow(rt)/3), B=112)出现报错：
Error in fit$surv.summary[2, , 1] : subscript out of bounds

我的解答思路和尝试过的方法

1年和3年都是能够运行的。查看数据，大于5年的只有3个样本，但是没有找到校准曲线对于样本量的要求。

我想要达到的结果

文件不知道如何上传呢？请联系我发送文件。请大家说说看，nomogram以及校准曲线是否对样本量有多少要求？我猜想是因为样本量太少，超出了误差范围，所以无法作图。请指教。第一次发文。谢谢！@小码农UU @老实人谢耳朵 @不吃西红柿丶