Ubuntu20.04版本
对fastq文件进行如下
</>ls gz |while read id
</>do
</>echo $id
</>#fastqc $id
</>zcat $id| fastq_quality_filter -v -q 20 -p 80 -Q33 -i - -o tmp ;
</>fastx_trimmer -v -f 1 -l 27 -m 15 -i tmp -Q33 -z -o ${id%%.}_clean.fq.gz;
</>#fastqc ${id%%.*}_clean.fq.gz
</>done
显示fastx_trimmer命令找不到tmp，是没有传递下去吗？还是没有过滤到啊