将三维空间点的距离当成边的权重。然后生成邻接矩阵。
或者有一种计算三维空间网络最短路径的算法（这里需要是实际距离最短）
蚁群算法用来求解旅行商问题是很方便的，可以把三维坐标点代入求距离矩阵，然后使用蚁群算法迭代求出最短路径。可以详细描述一下你的问题，蚁群算法求解旅行商问题的MATLAB程序也是有的。
附上代码：https://blog.csdn.net/u010712012/article/details/82664231
可以采用进化算法解决这个问题，比如差分进化算法，粒子群算法，蚁群算法
Dijkstra算法求解三维坐标下的最短路径
https://blog.csdn.net/qq_44776064/article/details/105268373