python修改txt文件内容相关问题

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请问我有以上文件，我希望一次性将每行的以>开头的长长的名字改掉，改为S+序号数，比如，第一个就是S1,第二个S2，以此往后，应该怎么修改呀！
我自己尝试了一下开头的代码，希望有可以指导一下，谢谢！
import os
f=open('文件')
for line in f:
if line.startswith('>'):

往后我就不知道改怎么把遍历出来的目标行给替换为我想要更改的名字了，希望可以得到帮助。感恩

望采纳！谢谢

import os
i = 1
with open('test.txt','r') as f1:
    with open('save.txt', 'a') as f2:
        for data in f1.readlines():
            if data.startswith('>'):
                f2.write(data.replace(">",'S' + str(i)))
                i += 1
            else:
                f2.write(data)
                

5A9S_2|Chain B|IMINE REDUCTASE|AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (31958)
MTDQNLPVTVAGLGPMGSALAAALLDRGHDVTVWNRSPGKAAPLVAKGARQADDIVDAVSASRLLVVCLADYDALYSALGPAREALRGRVVVNLNSGTPKEANEALRWAERHGTGYLDGAIMVPPAMVGHPGSVFLYSGSAEVFEEYKETLAGLGDPVHLGTEAGLAVLYNTALLSMMYSSMNGFLHAAALVGSAGVPAAEFTKLAVDWFLPAVIGQIIKAQAPTIDEGVYPGDAGSLEMNVTTLKHIIGTSQEQGVDTEIPVRNKELLDRAVAAGFGESSYYSVIELWR

文件的具体格式如上，谢谢解答