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不同公司外显子测序得到的gvcf文件可以进行合并吗?

我这里有两个g.vcf文件,有一个是我在华大公司进行wes测序他们给我的g.vcf文件,另一个是我自己用fastq文件进行GATK流程得到的vcf文件,这两个文件的大小差别比较大,可以直接通过GATK进行合并吗?

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