基于参考序列的基因组组装

手上有两个细菌的二代测序结果，想自己尝试组装成完整的基因组。我自己流程为：
1、使用FastQC对raw-date进行质量评估，指导接下里需要对基因组的处理，譬如，过滤，裁剪等。
2、发现数据杂质较多，所以，采用“Trimmomatic”过滤
3、过滤后的文件，用“Kmergenie”来预测最佳的kmer值。
4、使用spade软件进行拼接
5、用quast评估这一阶段拼接结果
6、spade软件拼接的结果是contig，所以想用映射组装，得到较为完整的基因组。

接下来的映射组装（又称“基于参考序列的基因组组装”）这一步卡壳了，我本来打算使用“RagTag”这个工具，但是这个工具使用并不顺利，例如：我用“ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta”这个命令，得到的输出结果，没有直接输出一个fasta文件，我猜想是还需要后续的操作才能生成想要的结果，但是也还不清楚怎么操作。另外，有没有类似软件的推荐？