基因敲除中目的基因两端同源臂

现在有5319547bp的基因组序列以及其中的一个669bp的CDS序列,我想知道669在此染色体DNA的位置,其实就是669它的前后相邻碱基是什么?该怎么定位呢?试过这俩序列比对,结果基因组序列太大,超过2Mb,比对不了,试问哪位可以解疑?目的是做基因敲除的引物设计同源臂