df=df.replace('.',np.NAN).bfill().groupby('index').first()
df=df.replace('.',np.NAN).astype('object').groupby('index').sum()
df=df.replace('.',np.NAN).groupby('index').agg({'VAR1':'sum','VAR2':'sum','VAR3':'sum','VAR4':'sum','VAR5':'sum'})
三个都行,看数据通用性取舍。