minimap2 chaining相关问题

博主你好,先前有幸阅读了《minimap2论文算法详解(主要针对RNA-seq)》这篇博客,其中关于最优chaining scores的寻找,我有一些迷惑。具体是这样的:f(i)为第i个anchor的最大chaining score,其中提到α(i, j)为第i与第j个anchor之间匹配碱基的数量。但在我的理解当中,如果第i与第j个anchor之间有匹配的碱基(或者说有overlap),那么从α(i, j)的定义来看,两者之间匹配的碱基数量应该是w-α(i, j)才对。不知道这一点应该如何理解呢?