程序设计时针对业务文件的较为科学的管理方式有哪些？

准备开发的一个程序需要管理一些业务文件（数据文件），请问对于在程序设计时，对于业务文件的管理有什么较为科学的管理方法吗？比如文件应如何统一命名，文件应如何分类存放以及一些其他应该注意的事项等。