1、bwa aln -t 24 draft.asm.fasta reads_R1.fastq.gz > reads_R1.sai
2、bwa aln -t 24 draft.asm.fasta reads_R2.fastq.gz > reads_R2.sai
3、bwa sampe draft.asm.fasta reads_R1.sai reads_R2.sai reads_R1.fastq.gz reads_R2.fastq.gz > sample.bwa_aln.sam
在运行完1、2步之后，运行第3步报错[E::bwa_sai2sam_pe_core] Unmatched SAI magic. Please re-run aln' with the same version of bwa. 事实上，123步中的bwa都是同一版本的bwa，还是报这个错，请求大神指点，万分感谢。 已尝试的办法： 1：给运行123步时，给bwa加上了绝对路径 2：重新下载了bwa，重新运行123步，保证了123步中的bwa版本一致 但都以失败告终，依旧报这个错：[E::bwa_sai2sam_pe_core] Unmatched SAI magic. Please re-runaln' with the same version of bwa.
是不是不能正常运行
请问您解决这个问题了吗？我现在也遇到了这种情况，没法解决
可以试试用-f命令取代>