'/tmp/RtmpSb4SxA/R.INSTALL7b39072979/Rhtslib/src/htslib-1.7'/
Makefile.Rhtslib:128: warning: overriding recipe for target '.c.o'/
/home/daixuelei/anaconda2/lib/R/etc/Makeconf:160: warning: ignoring old recipe for target '.c.o'/
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -g -Wall -O2 -I. -c -o kfunc.o kfunc.c
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -g -Wall -O2 -I. -c -o knetfile.o knetfile.c
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -g -Wall -O2 -I. -c -o kstring.o kstring.c
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -g -Wall -O2 -I. -c -o bcf_sr_sort.o bcf_sr_sort.c
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -g -Wall -O2 -I. -c -o bgzf.o bgzf.c/
In file included from bgzf.c:39:0:/
htslib/bgzf.h:35:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include
^~~~~~~~
compilation terminated.
make[1]: *** [Makefile.Rhtslib:128: bgzf.o] Error 1
make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpSb4SxA/R.INSTALL7b39072979/Rhtslib/src/htslib-1.7'
make: *** [Makevars.common:23: htslib] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘Rhtslib’
zlib.h 不在路径里，你看看报错。
把这个文件放在你make命令执行的工作目录中。
可以先搜索下zlib.h在哪个目录下，然后再makefile文件里面添加这个路径，搜索zlib.h可以使用这个命令：
find / -name zlib.h
文件不要到处乱拷贝。 修改Makefile， 添加 -I 来增加头文件搜索目录。